Kaiser Otto I., der bereits zu seinen Lebzeiten von Widukind von Corvey als totius orbis caput - „Haupt der ganzen Welt“ - bezeichnet wird, lässt mit dem Aufbau eines Erzbistums in Magdeburg 968 auch das Bistum Zeitz gründen. Am östlichen Rande des Regnum Teutonicorum, des Königreichs der Deutschen, am Siedlungsgebiet der Slawen, ist das Bistum für den Kaiser eine entscheidende Voraussetzung für die Christianisierung der Heiden. Und deren Landnahme. 976 erhält der Bischof von Zeitz die schon existierende, jedoch bis heute archäologisch nicht nachgewiesene Burg von Otto II. als Geschenk. Immer wieder kommt es zu Grenzkriegen und Aufständen der slawischen Bevölkerung westlich der Saale. 983, 1002 und 1028 sind solche schwarzen Jahre am Grenzfluß. Während 1028 der Bischofssitz ins sichere Naumburg verlegt wird, bleibt das Kollegiatstift an der Elster und die Burg dient als Bischofsresidenz. Später streiten sich die Geistlichkeiten vehement mit dem Markgrafen von Meißen um die Immobilie. Bischof Dietrich II. muss schließlich 1259 einwilligen, den Vorhof der Burg einschließlich seiner Befestigungen abzutragen. Doch bereits 12 Jahre später wird die Festung wieder erneuert und die Genehmigung nachträglich, 1278, von Markgraf Dietrich von Landsberg erteilt.

1429, das Jahr bedeutet den Wendepunkt zugunsten Frankreichs im Hundertjährigen Krieg, wird dir Festungsanlage durch die Hussiten schwer beschädigt. Bischof Johann II. von Schleinitz lässt daraufhin die heute noch erhaltenen Befestigungsanlagen aus einem unregelmäßigen Mauerring mit Türmen, Rondellen und einem breiten Graben errichten, der in den Folgejahren weiter ausgebaut und verstärkt wird. In den Zeiten Luthers und seiner Reformation ist das Bistum Zeitz umstritten, doch alle Versuche das Bistum in den weltlichen Besitz des Kurfürstentums Sachsen zu übertragen, scheitern am Widerstand Kaiser Karl V. Erst mit dem Tod Bischofs Julius von Pflug 1564 wird das Bistum Zeitz nach etwa 600 Jahren aufgelöst.

In den Kämpfen des Dreißigjährigen Krieges wird auch die Burg immer wieder belagert und 1644 durch schwedische Truppen zerstört. Kurfürst Johann Georgs I. von Sachsen versucht einen Neubeginn und fährt im deutschen klein-klein fort. Durch sein Testament von 1652 wird Kursachsen unter seine Söhne aufgeteilt und mit der sogenannten Sekundogenitur entstehen die Herzogtümer Sachsen-Merseburg, Sachsen-Weißenfels und Sachsen-Zeitz. Der zerstörte Bischofssitz an der Elster wird zwischen 1657 und 1667 als Residenz des Herzogtums Sachsen-Zeitz neu errichtet. Die Dreiflügelanlage ist das kleine Abbild des Weißenfelser Schlosses; der Dom wird zur Schloßkirche umgebaut, die schwer beschädigte gotische Burgmauer repariert und erneuert. Nachdem die Linie Sachsen-Zeitz erlischt, fällt das Schloss 1718 an Kursachsen zurück und kommt 1815 es durch die Bestimmungen des Wiener Kongresses in preußischen Besitz.

Nach der Wende lassen sich Land, Reparaturen und Fördermittel vierzehn Jahre Zeit, um im gesamten Schloss- und Festungsensemble umfassende Sanierungsarbeiten durchzuführen. In den weiten Räumen sind heute neben barocker Wohnfläche verschiedene Ausstellungen zu besichtigen.